跑路后公司扣工资不合法。依据《劳动法》，用人单位无故扣工资违法。若公司以此为由克扣，将损害您的合法权益，可能导致经济损失及劳动关系恶化。
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对公司扣工资，您可通过协商、投诉或仲裁处理。建议先与公司协商，无果后向劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁来维权。
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公司扣工资不合法。应对方式：1.与公司协商，要求说明扣工资原因并提供依据；2.若协商无果，向当地劳动监察部门投诉，提交相关证据；3.如问题仍未解决，可申请劳动仲裁，根据仲裁结果采取进一步行动。