分期结清收取3%违约金，若未超损失30%则合法。依据《合同法》规定，违约金不得超实际损失30%，超则不合法。未及时处理可能导致合同违约纠纷，影响信用。
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违约金问题需依法处理。操作如下：1. 核查违约金是否超法定上限；2. 与对方协商调整；3. 若协商无果，收集证据提起诉讼或申请仲裁；4. 遵循法律判决或裁决执行。
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处理分期结清违约金问题，可协商、诉讼或仲裁。首先尝试与对方协商，协商不成可通过法律途径解决，根据具体情况选择诉讼或仲裁。