农业用地管理部门主要为土体行政部门。依据《土地管理法》，占用耕地需经土体行政部门审批，否则属违法行为。未及时处理可能导致土地资源流失，影响农业生产及粮食安全。
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农业用地问题常通过土体行政部门处理。对于占用耕地，应首先咨询并申请土体行政部门审批；若涉及规划调整，还需与规划部门协调。选择处理方式时，需根据具体情况和法律法规要求决定。
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农业用地归土体部门管。具体操作：1. 咨询土体行政部门，了解耕地占用规定；2. 提交占用申请，按流程审批；3. 若涉及特殊项目，还需与规划部门协调，确保合规。